Проблема Балтійське море є одним із найбільш перевантажених судноплавних районів у світі. Небезпечні речовини від транспортування потрапляють у навколишнє середовище через викиди в атмосферу від горіння, витоку з фарб проти обростання та навмисних або випадкових розливів нафти, небезпечних речовин і добрив. Посилення людської діяльності та тиск також впливає на прибережну територію. Такі навантаження передусім включають берегову ерозію, частково як ефект зміни клімату, зростання кількості відвідувачів узбережжя та пов’язані з цим наслідки, наприклад порушення/знищення природних середовищ існування, збільшення кількості сміття, що утворюється в прибережних районах, імпорт інвазивних видів рослин. Цей тиск також включає зростаючий промисловий розвиток прибережних і морських районів з портами, гаванями та іншою великою інфраструктурою (наприклад, Північний потік II і Віслинський канал).