Проблема Багато видів у регіоні Балтійського моря знаходяться під загрозою зникнення. Загрози можуть виникати через специфічні антропогенні види використання, такі як рибальство, забруднення або підводний шум, а також через зміну клімату як наслідок індустріалізації нашого світу. Прикладами видів, що перебувають під загрозою зникнення, є морська свиня Харбор або різні види риб, такі як балтійський лосось, перелічені в Директиві ЄС про середовище проживання. У нас у Балтійському морі залишилося лише кілька сотень морських свиней, і бездіяльність може призвести до повної втрати. Основними загрозами для балтійської морської свині вважаються прилов під час промислу зябровими мережами, забруднювачі навколишнього середовища та підводний шум, а також зміни екосистеми, які можуть вплинути на доступність здобичі. Було прийнято План дій щодо лосося, але 2/3 популяцій диких річок все ще перебувають під загрозою через забруднення та перегородження річок для гідроелектростанцій. Також ключове значення мають популяції тріски, морської форелі та вугра. Балтійська тріска дуже важлива як головний хижак і харчується кількою та оселедцем. Протягом останніх десятиліть запаси тріски зазнали значного надмірного вилову, що призвело до збільшення кількості іншої пелагічної риби, що змінило всю екосистему з домінування тріски на домінування кільки та оселедця. Поголів'я вугрів скоротилося на 97%, і регіон Балтійського моря має особливе значення, оскільки більшість вугрів тут виростають у великих самок, що має вирішальне значення для успішного нересту.
Крім того, Балтійське море вважається особливо сприйнятливим до встановлення чужорідних видів через його характеристики, такі як закрита форма, мілководдя та низька солоність. Його біота складається зі значної частини новостворених чужорідних видів (некорінні види - NIS/інвазивні чужорідні види - IAS), включаючи патогени. У зв’язку з активізацією транспорту та подорожей, будівництвом систем каналів та зростанням аквакультури інтродукція чужорідних видів у регіон також прискорилася та вважається однією з головних загроз для загального біорізноманіття Балтії. Зміна клімату, як одна з головних рушійних сил біологічних вторгнень, зробить проблему ще більш актуальною. Після встановлення та поширення чужорідні види можуть негативно впливати на біологічне різноманіття, функції екосистеми, соціально-економічні цінності, а також здоров’я людини (наприклад, токсичні водорості та бактерії).