Problem Morze Bałtyckie jest jednym z najbardziej zatłoczonych obszarów żeglugowych na świecie. Substancje niebezpieczne pochodzące z żeglugi dostają się do środowiska poprzez emisje atmosferyczne ze spalania, wycieki z farb przeciwporostowych oraz celowe lub przypadkowe wycieki oleju, substancji niebezpiecznych i nawozów. Intensyfikowana działalność człowieka i naciski wpływają również na obszar przybrzeżny. Takie naciski obejmują przede wszystkim erozję wybrzeża, częściowo jako efekt zmiany klimatu, rosnącą liczbę odwiedzających linię brzegową i powiązane z tym skutki, np. zaburzenie/niszczenie naturalnych siedlisk, większe ilości śmieci generowanych na obszarach przybrzeżnych, import inwazyjnych gatunków roślin. Te naciski obejmują również rosnący rozwój przemysłowy obszarów przybrzeżnych i morskich z portami, przystaniami i inną dużą infrastrukturą (np. Nord Stream II i Kanał Wiślany).