Problem Wiele gatunków zagrożonych w regionie Morza Bałtyckiego. Zagrożenia mogą wynikać ze specyficznych zastosowań antropogenicznych, takich jak rybołówstwo, zanieczyszczenie lub hałas podwodny, ale także ze zmiany klimatu będącej konsekwencją industrializacji naszego świata. Przykładami zagrożonych gatunków są morświn lub różne gatunki ryb, takie jak łosoś bałtycki, wymienione w Dyrektywie Siedliskowej UE. W Morzu Bałtyckim pozostało zaledwie kilkaset morświnów, a bezczynność grozi całkowitą utratą. Główne zagrożenia dla morświna bałtyckiego to przyłów w połowach sieciami skrzelowymi, zanieczyszczenia środowiska i hałas podwodny, a także zmiany ekosystemu, które mogą wpływać na dostępność zdobyczy. Przyjęto Plan działania na rzecz łososia, ale 2/3 populacji dzikich rzek jest nadal zagrożonych z powodu zanieczyszczenia i spiętrzania rzek w celu wytwarzania energii wodnej. Kluczowe znaczenie mają również populacje dorsza, troci morskiej i węgorza. Dorsz bałtycki jest bardzo ważny jako drapieżnik główny i żywi się szprotem i śledziem. W ciągu ostatnich dziesięcioleci populacja dorsza została poważnie przełowiona, co spowodowało wzrost populacji innych ryb pelagicznych, co zmieniło cały ekosystem z zdominowanego przez dorsza na zdominowany przez szprota i śledzia. Populacja węgorza zmniejszyła się o 97%, a region Morza Bałtyckiego ma szczególne znaczenie, ponieważ większość węgorzy tutaj dorasta do dużych samic, co jest kluczowe dla powodzenia tarła.
Ponadto Morze Bałtyckie jest uważane za szczególnie podatne na zasiedlenie gatunkami obcymi ze względu na jego cechy, takie jak zamknięta forma, płytkie wody i niskie zasolenie. Jego biota składa się ze znacznej części nowo zasiedlonych gatunków obcych (gatunków nierodzimych - NIS/gatunków inwazyjnych obcych - IAS), w tym patogenów. W związku z nasilonym transportem i podróżowaniem, budową systemów kanałów i rozwojem akwakultury, wprowadzanie gatunków obcych do regionu również przyspieszyło i jest uważane za jedno z głównych zagrożeń dla ogólnej bioróżnorodności Bałtyku. Zmiana klimatu, jako jeden z głównych czynników napędzających inwazje biologiczne, sprawi, że problem stanie się jeszcze bardziej pilny. Po zasiedleniu i rozprzestrzenieniu się gatunki obce mogą negatywnie wpłynąć na różnorodność biologiczną, funkcje ekosystemów, wartości społeczno-ekonomiczne, a także zdrowie ludzi (np. toksyczne algi i bakterie).