Problemet Östersjön är ett av de mest trånga sjöfartsområdena i världen. Farliga ämnen från sjöfarten kommer ut i miljön genom atmosfäriska utsläpp från förbränning, läckage från bottenfärger och avsiktligt eller oavsiktligt spill av olja, farliga ämnen och konstgödsel. Intensifierade mänskliga aktiviteter och påfrestningar påverkar också kustområdet. Sådana påfrestningar inkluderar främst kusterosion, delvis som en klimatförändringseffekt, växande antal besökare till kusten och därmed sammanhängande effekter t.ex. störning/förstörelse av naturliga livsmiljöer, större mängder skräp som genereras i kustområden, import av invasiva växtarter. Dessa påfrestningar inkluderar också växande industriell utveckling av kust- och havsområdena med hamnar, hamnar och annan stor infrastruktur (t.ex. Nord Stream II och Vistula-kanalen).