Problemet Många arter hotade i Östersjöområdet. Hoten kan bero på specifika antropogena användningar som fiske, föroreningar eller undervattensbuller, men också från klimatförändringar som en konsekvens av industrialiseringen av vår värld. Exempel på hotade arter är tumlare eller olika fiskarter, t.ex. Östersjölaxen, listade i EU:s habitatdirektiv. Vi har bara några hundra tumlare kvar i Östersjön och passivitet riskerar att gå förlorad. De främsta hoten mot tumlaren i Östersjön anses vara bifångst i garnfiske, miljöföroreningar och undervattensbuller, samt ekosystemförändringar som kan påverka bytestillgängligheten. En handlingsplan för lax har antagits men 2/3 av de vilda flodpopulationerna är fortfarande hotade på grund av föroreningar och uppdämning av floder för vattenkraft. Även torsk-, havsörings- och ålpopulationer är av central betydelse. Östersjötorsken är mycket viktig som topprovdjur och livnär sig på skarpsill och sill. Under de senaste decennierna har torskbeståndet blivit kraftigt överfiskat, vilket resulterat i större mängder annan pelagisk fisk som har förändrat hela ekosystemet från torskdominerad till skarpsill och silldominerad. Ålbeståndet har minskat med 97 % och Östersjöregionen är särskilt viktig eftersom de flesta ålar här växer till stora honor, vilket är avgörande för lekens framgång.
Dessutom anses Östersjön vara särskilt känslig för etablering av främmande arter på grund av dess egenskaper som den inneslutna formen, grunda vatten och låg salthalt. Dess biota består av en betydande del av nyligen etablerade främmande arter (Icke-indigenous species - NIS/Invasive Alien species - IAS), inklusive patogener. I samband med intensifierade transporter och resor, konstruktioner av kanalsystem och växande vattenbruk har även introduktionen av främmande arter till regionen accelererat och anses vara ett av de största hoten mot den övergripande biologiska mångfalden i Östersjön. Klimatförändringar, som en av de viktigaste drivkrafterna för biologiska invasioner, kommer att göra problemet ännu mer akut. När de väl etablerats och expanderat kan främmande arter negativt påverka den biologiska mångfalden, ekosystemfunktionerna, socioekonomiska värden och även människors hälsa (t.ex. giftiga alger och bakterier).