Das Problem: Viele Arten im Ostseeraum sind bedroht. Die Bedrohungen können durch bestimmte anthropogene Nutzungen wie Fischerei, Verschmutzung oder Unterwasserlärm, aber auch durch den Klimawandel infolge der Industrialisierung unserer Welt verursacht werden. Beispiele für bedrohte Arten sind der Schweinswal oder verschiedene Fischarten wie der Ostseelachs, die in der Habitatrichtlinie der EU aufgeführt sind. In der Ostsee gibt es nur noch wenige hundert Schweinswale, und durch Untätigkeit besteht die Gefahr eines vollständigen Verlusts. Die Hauptbedrohungen für den Ostseeschweinswal sind Beifang in der Kiemennetzfischerei, Umweltschadstoffe und Unterwasserlärm sowie Veränderungen des Ökosystems, die die Zugänglichkeit der Beute beeinträchtigen können. Es wurde ein Lachsaktionsplan verabschiedet, aber zwei Drittel der wilden Flusspopulationen sind immer noch durch Verschmutzung und Aufstauung von Flüssen für die Wasserkraft bedroht. Auch die Populationen von Kabeljau, Meerforelle und Aal sind von entscheidender Bedeutung. Der Ostseedorsch ist als Spitzenprädator sehr wichtig und ernährt sich von Sprotten und Heringen. In den letzten Jahrzehnten wurde der Kabeljaubestand stark überfischt, was zu einem Anstieg anderer pelagischer Fischbestände führte. Das gesamte Ökosystem wurde dadurch verändert, dass zuvor Kabeljau dominierte und nun Sprotte und Hering vorherrschend waren. Der Aalbestand ist um 97 % zurückgegangen und die Ostseeregion ist dabei von besonderer Bedeutung, da die meisten Aale hier zu großen Weibchen heranwachsen, was für den Erfolg des Laichens entscheidend ist.
Darüber hinaus gilt die Ostsee aufgrund ihrer Eigenschaften wie ihrer geschlossenen Form, der flachen Gewässer und des geringen Salzgehalts als besonders anfällig für die Ansiedlung fremder Arten. Ihre Biota besteht zu einem beträchtlichen Teil aus neu angesiedelten fremden Arten (nicht heimische Arten – NIS/invasive fremde Arten – IAS), darunter auch Krankheitserreger. Im Zusammenhang mit verstärktem Transport und Verkehr, dem Bau von Kanalsystemen und wachsender Aquakultur hat sich auch die Einführung fremder Arten in die Region beschleunigt und gilt als eine der größten Bedrohungen für die gesamte Biodiversität der Ostsee. Der Klimawandel als einer der Haupttreiber biologischer Invasionen wird das Problem noch dringlicher machen. Einmal angesiedelt und verbreitet, können fremde Arten die biologische Vielfalt, Ökosystemfunktionen, sozioökonomische Werte und auch die menschliche Gesundheit (z. B. giftige Algen und Bakterien) negativ beeinflussen.